Una forma rápida de ordenar una estructura JSON cuando tenemos toda en una sola linea es usando Eclipse. Entramos a eclipse y creamos un archivo nuevo con extensión .js. En mi ejemplo coloco Prueba.js. Luego escribimos en el archivo Prueba.js lo siguiente:

var j = {"glossary": {"title": "example glossary","GlossDiv": {"title": "S","GlossList": {"GlossEntry": {"ID": "SGML","SortAs": "SGML","GlossTerm": "Standard Generalized Markup Language","Acronym": "SGML","Abbrev": "ISO 8879:1986","GlossDef": {"para": "A meta-markup language, used to create markup languages such as DocBook.","GlossSeeAlso": ["GML", "XML"]},"GlossSee": "markup"}}}}}

Y pegamos la línea de la estructura JSON. Luego presionamos Control + Shift + F y va a ordenar correctamente el JSON. Así de simple.

OBS:

•  Gracias @p431i7o por el truquito