Existen muchas soluciones de base de datos que manejan datos espaciales, pero en soluciones libres, el rey es PostgreSQL/PostGIS.
El modulo PostGIS de PostgreSQL maneja datos espaciales almacenando vectores como raster. En la parte raster es algo nuevo en la versión 2, pero ya se esta manejando de alguna manera.
MySQL 5.6 ya maneja datos espaciales (vectores), pero de forma muy básica. En la versión 5.7 (no estable) mejoraron mucho, pero sigue siendo muy inferior a PostgreSQL/PostGIS.

MySQL maneja muy pocas funciones comparando PostgreSQL/PostGIS.

Si van a hacer aplicaciones donde necesitan cosas muy básicas y puntuales busquen si se puede hacer con MySQL. En caso, si su aplicación es compleja y van a necesitar muchas funciones espaciales, apuesten directamente por PostgreSQL/PostGIS.
Muchas personas podrían preguntarse, como saber si es complejo o no. Les respondería que investiguen y si cumple con lo que buscan con MySQL, lo utilicen.
En una aplicación que necesitaba solamente determinar un punto en un polígono, utilice MySQL, porque ya tenia toda la base de datos y solo necesitaba utilizar una consulta espacial. Con PostgreSQL/PostGIS podía solucionar, pero debía de usar dos base de datos diferentes. Una para los datos del sistema y otra para la parte espacial. Por esa razón, con MySQL ya lo solucionaba y solo utilizaba una base de datos.

Para consultas espaciales simples MySQL, el resto PostgreSQL/PostGIS.

Imagen: Blog de Jorgenio