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Para solucionar el problema de los colores con los vídeos de YouTube usando el flash de Adobe, necesitamos realizar algunos pasos.

Primero es desinstalar el paquete libvdpau1.
Entramos en la consola como root y escribimos:
aptitude remove libvdpau1


Nos podría salir esto por pantalla:
Se ELIMINARÁN los siguientes paquetes:
libvdpau1
0 paquetes actualizados, 0 nuevos instalados, 1 para eliminar y 0 sin actualizar.
Necesito descargar 0 B de ficheros. Después de desempaquetar se liberarán 123 kB.
No se satisfacen las dependencias de los siguientes paquetes:
nvidia-vdpau-driver: Depende: libvdpau1 pero no será instalado.
Las acciones siguientes resolverán estas dependencias

Eliminar los paquetes siguientes:
1) nvidia-vdpau-driver

Dejar las siguientes dependencias sin resolver:
2) nvidia-glx recomienda nvidia-vdpau-driver (>= 195.36.31)

¿Acepta esta solución? [Y/n/q/?]


Presionamos Y, y esperamos que termine de remover. Ahora volvemos a escribir en la consola:
aptitude purge libvdpau1


Una vez desinstalado todo hacemos click derecho dentro del vídeo de youtube y entramos en «Configuración«. Desactivamos la aceleración por hardware.

Y ahora ya no tendremos más problemas con los colores.

Fuente: Desde Linux