Sigo jugando con OpenLayers, y tenia varios marcadores en una base de datos (MySQL). La idea es mostrar todos los marcadores de la base de datos, y la manera sencilla de hacer es mediante GEOJSON. En el lado del servidor creamos un GEOJSON y en el cliente lo consumimos.

La parte importante del PHP:
foreach($v_marcadores as $p_marcador) {
    $v_marcador = array(
        'type' => 'Feature',
        'geometry' => array(
            'type' => 'Point',
            'coordinates' => array($p_marcador->marcador_longitud, $p_marcador->marcador_latitud)
        ),
        'properties' => array(
            'name' => $p_marcador->marcador_nombre
        )
);
array_push($v_geojson['features'], $v_marcador);

};
header("Content-Type:application/json", true);
echo json_encode($v_geojson);


OBS:

• $marcadores: es el array de todos los marcadores que se saco de la base de datos (MySQL).

En el lado del cliente (JavaScipt):
var v_geojson_layer = new OpenLayers.Layer.Vector("GeoJSON", {
    styleMap: new OpenLayers.StyleMap({
        "default": new OpenLayers.Style({
            pointRadius: 5,
            fillColor: "#ffcc66",
            fillOpacity: 0.8,
            strokeColor: "#cc6633",
            strokeWidth: 2,
            strokeOpacity: 0.8
        }),
        "select": {
            fillColor: "#8aeeef",
            strokeColor: "#32a8a9",
            labelYOffset: 13,
            label: "${name}"
        } //Text entspricht feature.attributes.name
    }),
    projection: new OpenLayers.Projection("EPSG:4326"),
    strategies: [new OpenLayers.Strategy.Fixed()],
    protocol: new OpenLayers.Protocol.HTTP({
        url: "http://eventosinformaticos/mapas/index",
        format: new OpenLayers.Format.GeoJSON()
    })
});

// Agregar el layer OSM al mapa y el layer de los marcadores.
v_mapa.addLayers([v_layer_osm, v_geojson_layer]);


Con lo anterior ya podemos mostrar todos los marcadores que sacamos de la base de datos (MySQL) con el formato GeoJSON y lo mostramos en el mapa.