OBS:

• Usamos Debian Wheezy, pero debería de funcionar en cualquier distro, lo importante es tener instalado dconf-editor y gnome-screenshot.

Entramos a la consola y escribimos lo siguiente:
sudo apt-get update
sudo apt-get install dconf-editor


Una vez instalado, volvemos a escribir en la consola:
dconf-editor


Una vez dentro del programa, nos dirigimos a org -> gnome -> gnome-screenshot

Donde dice auto-save-directory escribimos: file:///home/usuarioEscritorio/
Ahora ya podremos hacer screenshots y todas las imágenes irán al escritorio de tu usuario. En nuestro caso al escritorio de proyectosbeta.
Fuente: Ask Ubuntu