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Según mi punto de vista los tres formatos más populares al estar usando datos vectoriales son:

1. SHP: formato propietario y demasiado extendido por todos lados. Generalmente todos los software Libres o privativos abren este tipo de archivo. El formato contiene como mínimo tres archivos para que se pueda utilizar el shp. Estos archivos son: shp, shx, dbf.
2. PostgreSQL/PostGIS: base de datos que almacena formatos vectoriales. Cada vez es más extendido y cuando se tiene una cantidad muy grande de datos o se quiere realizar operaciones geográficas, es el formato ideal.
3. GeoJSON: es un json, pero con una estructura que maneja datos geográficos. Contiene un formato predefinido y es esta muy extendido al realizar web mapping.

Estos son los tres formatos vectoriales más extendidos, pero existen muchos más como KML/KMZ, CVS, GML/XML, GPX, etc.