Cuanto menos información des sobre tus software que utilizas, mucho mejor. Le voy a decir como ocultar le versión de apache2 en Ubuntu Server 14.04 LTS, pero se aplica a cualquier distro.
Entramos a la terminal y tecleamos lo siguiente:
sudo nano /etc/apache2/apache2.conf
Agregamos lo siguiente al final del archivo:
ServerTokens Prod
ServerSignature off
Ahora guardamos el archivo que recién editamos (Control + o) y luego lo cerramos (Control + x). Volvemos a entrar a la terminal y escribimos lo siguiente:
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Para probar escribimos en la terminal:
curl -I www.pruebas.info
Fuente: Tutorial Arena