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Estaba usando OL3 (v.3.6.0) y me di cuenta que la ya no esta más ol.source.GeoJSON para usar un GeoJSON.
Antes se usaba de la siguiente manera:
v_layer_departamentos = new ol.layer.Vector({
    name: 'Departamentos',
    source: new ol.source.GeoJSON({
        url: '../Datos/Departamentos.geojson'
    })
});

Ahora se usa el source vector con el format GeoJSON.
v_layer_departamentos = new ol.layer.Vector({
    name: 'Departamentos',
    source: new ol.source.Vector({
        url: '../Datos/Departamentos.geojson',
        format: new ol.format.GeoJSON()
    })
});