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Con la ayuda de Lucas Cavalcante de la comunidad de QGIS Brasil (en Facebook) pude obtener un polígono entre dos polígonos.

Para que se entienda mejor. Tenia los departamentos de Central y Presidente Hayes, y quería obtener de forma automática Asunción que está dentro de esos dos departamentos.

Para obtener un polígono que sería Asunción debemos hacer unos pasos:

1. Importar los shapefiles. En nuestro caso los departamentos Central y Presidente Hayes.
2. Luego ir a Vectorial -> Herramientas de geoproceso -> Unión. Debemos unir todos los shp en uno solo. El shp se llama Union.shp

   

3. Crear un shp de polígonos y llamarlo Poligono.shp.
4. Hacer de forma manual un trazado del polígono que cubra todo el área que sería Asunción. Una vez hecho esto, deberían de guardar.

   

5. Después ir a Vectorial -> Herramientas de geoproceso -> Diferencia. Seleccione la capa de entrada que sería Polígono y la capa de diferencia es Unión. Luego guarde el shp que se estará generando como Asuncion.shp.

   

6. Por último ya se crea Asunción que es lo que queríamos obtener.

   

Descargar los shps.