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Antes de instalar MapServer 5.6.5, les recomiendo utilizar los repositorios que utilizo. En una entrada anterior les muestro.
Requisitos para tener el MapServer:

• Apache2.
• php5.
• Ser root.

Ahora entramos a la consola:
aptitude install cgi-mapserver mapserver-bin mapserver-doc php5-mapscript

Para verificar la versión de MapServer, entramos a la consola:
/usr/lib/cgi-bin/mapserv -v


Esto desplegaría por pantalla:
MapServer version 5.6.5 OUTPUT=GIF OUTPUT=PNG OUTPUT=JPEG OUTPUT=WBMP OUTPUT=SWF OUTPUT=SVG SUPPORTS=PROJ SUPPORTS=AGG SUPPORTS=FREETYPE SUPPORTS=ICONV SUPPORTS=FRIBIDI SUPPORTS=WMS_SERVER SUPPORTS=WMS_CLIENT SUPPORTS=WFS_SERVER SUPPORTS=WFS_CLIENT SUPPORTS=WCS_SERVER SUPPORTS=SOS_SERVER SUPPORTS=FASTCGI SUPPORTS=THREADS SUPPORTS=GEOS SUPPORTS=RGBA_PNG INPUT=EPPL7 INPUT=POSTGIS INPUT=OGR INPUT=GDAL INPUT=SHAPEFILE


Y eso es todo..
Sitio Oficial: MapServer