Me estaba peleando por varias horas con OL3. En mi servidor sacaba las coordenadas de latitud y longitud; y generaba el geoJSON. En mi layer obtenía los datos del geoJSON y marcaba en cualquier lado el punto. Después de varias horas me di cuenta que la latitud y longitud estaba como string, osea que en vez de estar:
-25.30655 y -57.60051


Estaba:
"-25.30655" y "-57.60051"


Entonces en el lado del servidor le fuerzo a que sea un double (latitud y longitud). Y con esto ya se soluciona el problema.

De alguna manera en OL3 no le gusta que la latitud y longitud este el número como string, porque me coloca en cualquier lado. Nunca es en el mismo lugar, porque probé con otras coordenadas.