Cuanto menos información des sobre tus software que utilizas, mucho mejor. Le voy a decir como ocultar le versión de Ngnix en Debian Jessie, pero se aplica a cualquier distro.

Entramos a la terminal y tecleamos lo siguiente:
curl -I curl -I 192.168.0.8


Sale por pantalla:

Volvemos a entrar a la terminal y tecleamos lo siguiente:
sudo nano /etc/nginx/nginx.conf


Descomentamos server_tokens off, osea borramos el #.
server_tokens off;


Ahora guardamos el archivo que recién editamos (Control + o) y luego lo cerramos (Control + x). Volvemos a entrar a la terminal y escribimos lo siguiente:
sudo service nginx restart


Volvemos a probar:
curl -I curl -I 192.168.0.8


Sale por pantalla:

Fuente: nginxtips