Quería tener MySQL Workbench 6.3.9 en mi Ubuntu Yakkety Yak 16.10, así que manos a la obra.
Entramos a este link y descargamos como indica la imagen de abajo.

Entramos a la terminal y nos dirigimos a la ruta donde se encuentra el archivo que recién descargamos.
sudo apt update
sudo apt install libpcrecpp0v5 python-paramiko python-crypto
sudo dpkg -i mysql-workbench-community-6.3.9-1ubuntu16.10-amd64.deb


En caso que falten algunos paquetes para que pueda instalar MySQL Workbench, tecleen lo siguiente:
sudo apt install -f


Ahora ya podremos gestionar nuestras base de datos MySQL con esta gran herramienta.