Cuanto menos información proporciones de tus herramientas, mucho mejor. Ahora le toca el turno a HHVM de ocultar su versión.

OBS:

• Usamos Debian Jessie de 64 bits.

Entramos a la terminal y tecleamos lo siguiente:
sudo nano /etc/hhvm/php.ini


Agregamos lo siguiente en la linea final:
expose_php = Off


Ahora guardamos el archivo que recién editamos (Control + o) y luego lo cerramos (Control + x). Volvemos a entrar a la terminal y escribimos lo siguiente:
sudo service hhvm restart


Y si vuelven a probar un sitio con un archivo php, podrán darse cuenta que la ya no muestra la versión ni información de HHVM.